Dr Valeriia Haberland
Lecturer in Computer Science

Kiriy, D., Favero, F., Gerhäuser, C., Heilmann, J., Lutsik, P., Gonzalez, FGR., Locallo, A., Jespersen, JS., Gruber, AJ., Olsen, AV., Hernando, B., Cheng, KCL., Pellegrina, D., Macintyre, G., Bova, GS., Brewer, DS., Bristow, RG., Brook, MN., Brors, B., Butler, A., Cancel-Tassin, G., Corcoran, NM., Cussenot, O., Eeles, RA., Gihawi, A., Girma, EG., Gnanapragasam, VJ., Hamid, A., Hayes, VM., He, HH., Hovens, CM., Imada, EL., Jakobsdottir, GM., Jung, C-H., Khani, F., Kote-Jarai, Z., Lamy, PP., Leeman, G., Loda, M., Marchionni, L., Molania, R., Papenfuss, AT., Pope, B., Queiroz, LR., Rausch, T., Robinson, B., Sahli, A., Sørensen, KD., Uhrig, S., Wedge, DC., Xu, Y., Yamaguchi, TN., Zanettini, C., Torres, M., Fernández-Sanromán, A., Roldan-Romero, JM., Barton, L., Corcoran, NM., Gnanapragasam, VJ., Hamid, A., He, HH., Hovens, CM., Kote-Jarai, Z., Loda, M., Molania, R., Papenfuss, AT., Al-Muftah, N., Baena, E., Barrowdale, D., Bedő, J., Bergeron, A., Berlin, A., Borre, M., Burns, W., Campbell, BK., Carelli, R., Cheung, M., Chow, K., Clarkson, MJ., Cmero, M., Collins, C., Faini, AC., Costello, T., Dennis, N., Dev, H., Dinalankara, W., Dong, R., Dundee, P., Foster, C., Erickson, A., Esentürk, E., Falkenbach, F., Fanelli, GN., Feran, B., Feuerbach, L., Fradet, Y., Fu, Y., Furlano, K., Georgeson, P., Graefen, M., Grima, C., Haberland, V., Hall, GA., He, X., Holmes, V., Hong, C., Hong, MKH., Hutchison, WJ., Jaratlerdsiri, W., Jiang, J., Keane, T., Kerger, M., Kerry, G., Kurganovs, N., Lach, R., Lamb, AD., Lim, B., Lu, Y-J., Lynch, AG., Mangiola, S., Massie, CE., McCoy, P., Mehmood, A., Mensah, N., Mills, I., Milne-Clark, T., Nguyen, A., Norden, S., Nuzzo, PV., Nykter, M., Olofinsae, S., Omar, M., Pakula, H., Pan, Y., Park, DJ., Pederzoli, F., Penington, J., Peters, JS., Phal, PM., Pirhady, P., Plass, C., Raine, K., Rodrigues, S., Pereira, RR., Rubin, AF., Ryan, A., Sankar, A., Schlotmann, BC., Stuchbery, R., Sültmann, H., Taylor, A., Tennstedt, P., Ureta, J., Van Loo, P., Voith von Voithenberg, L., Wakefield, M., Warren, A., Wirth, C., Woodcock, DJ., Zhang, J., Ziuboniewicz, AS., Simon, R., Sauter, G., Batra, RRN., Cooper, CS., Schlomm, T., Reimand, J. and Weischenfeldt, J. et al. (2026) 'Recurrent mechanisms of biallelic epigenetic inactivation reveal new putative tumour suppressor genes in prostate cancer'. Nature Communications, 17 (1).

Jakobsdottir, GM., Brook, MN., Sahli, A., Leeman, G., Favero, F., Uhrig, S., Girma, EG., Gerhauser, C., Lutsik, P., Lamy, P., Rausch, T., Gihawi, A., Hamid, A., Jung, C-H., Pellegrina, D., Imada, EL., Yamaguchi, TN., Zanettini, C., Cheng, KCL., Queiroz, LR., Xu, Y., Jaratlerdsiri, W., Barton, LM., Lach, R., Barrowdale, D., Batra, RN., Burns, D., Kerry, G., Sankar, A., Feran, B., Feuerbach, L., Fernandez-Sanroman, A., Hernando, B., Wirth, C., Haberland, V., Hong, C., Sboner, A., He, X., Erickson, A., Holmes, V., Mehmood, A., Nykter, M., Omar, M., Al-Muftah, N., Baena, E., Bedo, J., Bergeron, A., Berlin, A., Borre, M., Campbell, BK., Carelli, R., Cheung, M., Chow, K., Clarkson, MJ., Cmero, M., Collins, C., Faini, AC., Costello, T., Dennis, N., Dev, H., Dinalankara, W., Dong, R., Dundee, P., Esenturk, E., Falkenbach, F., Fanelli, GN., Fradet, Y., Fu, Y., Furlano, K., Georgeson, P., Gheybi, K., Graefen, M., Grima, C., Hall, GA., Hamdy, F., Heilmann, J., Hong, MKH., Hutchison, WJ., Jiang, J., Kerger, M., Khani, F., Kiriy, D., Kurganovs, N., Lamb, AD., Leung, W-K., Lim, B., Mangiola, S., Massie, CE., McCoy, P., Mensah, N., Mills, I., Milne-Clark, T., Molania, R., Nguyen, A., Norden, S., Nuzzo, PV., Olsen, A., Pakula, H., Pan, Y., Park, DJ., Pederzoli, FF., Penington, J., Peters, JS., Phal, PM., Pirhady, P., Plass, C., Raine, K., Robinson, B., Rodrigues, S., Rodrigues Pereira, R., Rubin, AF., Ryan, A., Sander, C., Sauter, G., Scherer, M., Schlotmann, B., Simon, R., Soh, PXY., Stuchbery, R., Sultmann, H., Tennstedt, P., Tulcan, G., Ulhoi, BP., Ureta, J., Van Der Kwast, T., Van Loo, P., Lu, Y-J., Verrill, C., Voith von Voithenberg, L., Wakefield, M., Woodcock, DJ., Zhang, J., Ziuboniewicz, AS., Bova, GS., Bristow, RG., Cancel-Tassin, G., Corcoran, NM., Cussenot, O., Sørensen, KD., Gnanapragasam, VJ., Hayes, VM., Schlomm, T., Foster, C., Brors, B., Keane, T., Butler, A., Lynch, AG., Kote-Jarai, Z., Fraser, M., Hansen He, H., Warren, A., Korbel, J., Boutros, P., Eeles, RA., Macintyre, G., Marchionni, L., Loda, M., Hovens, CM., Reimand, J., Papenfuss, AT., Gruber, AJ., Brewer, DS., Cooper, CS., Pope, B., Weischenfeldt, J. and Wedge, DC. et al. (2026) 'The Pan Prostate Cancer Group Dataset - Genomic, Transcriptomic and Methylation data for Clinical Discovery'. Scientific Data, 0 (accepted, in press). pp. 1 - 39.Open Access Link

Gruber, AJ., Olsen, AV., Hernando, B., Cheng, KCL., Gerhäuser, C., Torres, M., Favero, F., Kiriy, D., Fernández-Sanromán, Á., Roldan-Romero, JM., Barton, L., Pellegrina, D., Bova, GS., Brewer, DS., Brook, MN., Brors, B., Butler, A., Cancel-Tassin, G., Corcoran, NM., Cussenot, O., Gihawi, A., Girma, EG., Gnanapragasam, VJ., Hamid, AA., Hayes, VM., He, HH., Hovens, CM., Imada, EL., Jakobsdottir, GM., Jung, C-H., Khani, F., Kote-Jarai, Z., Lamy, P., Leeman, G., Loda, M., Lutsik, P., Marchionni, L., Molania, R., Papenfuss, AT., Pope, B., Queiroz, LR., Rausch, T., Robinson, B., Sahli, A., Sørensen, KD., Yamaguchi, TN., Uhrig, S., Xu, Y., Zanettini, C., Bergeron, A., Rubin, AF., Lamb, AD., Berlin, A., Ziuboniewicz, AS., Erickson, A., Ryan, A., Lynch, AG., Faini, AC., Nguyen, A., Warren, A., Sankar, A., Mehmood, A., Schlotmann, BC., Lim, B., Campbell, BK., Feran, B., Massie, CE., Hong, C., Foster, C., Plass, C., Wirth, C., Collins, C., Grima, C., Woodcock, DJ., Barrowdale, D., Park, DJ., Esentürk, E., Baena, E., Falkenbach, F., Pederzoli, F., Kerry, G., Fanelli, GN., Hall, G., Dev, H., Sültmann, H., Pakula, H., Mills, I., Korbel, J., Ureta, J., Heilmann, J., Zhang, J., Penington, JS., Jiang, J., Bedő, J., Peters, JS., Raine, K., Chow, K., Furlano, K., Feuerbach, L., von Voithenberg, LV., Cmero, M., Graefen, M., Hong, MKH., Wakefield, M., Nykter, M., Cheung, M., Borre, M., Clarkson, MJ., Kerger, M., Scherer, M., Omar, M., Mensah, N., Kurganovs, N., Dennis, N., Al-Muftah, N., Pirhady, P., McCoy, P., Georgeson, P., Van Loo, P., Dundee, P., Nuzzo, PV., Tennstedt, P., Phal, PM., Lach, R., Batra, RN., Pacey, S., Pereira, RR., Dong, R., Carelli, R., Stuchbery, R., Norden, S., Olofinsae, S., Rodrigues, S., Mangiola, S., Keane, T., Milne-Clark, T., Costello, T., Haberland, V., Holmes, V., Jaratlerdsiri, W., Burns, W., Dinalankara, W., Hutchison, WJ., He, X., Pan, Y., Lu, Y-J., Fu, Y., Fradet, Y., Simon, R., Sauter, G., Eeles, RA., Cooper, CS., Bristow, RG., Wedge, DC., Schlomm, T., Macintyre, G., Reimand, J. and Weischenfeldt, J. et al. (2026) 'Integrated signatures define mutational processes in prostate cancer'. Nature. ISSN: 0028-0836

Buhigas, C., Warren, AY., Leung, WK., Whitaker, HC., Luxton, HJ., Hawkins, S., Kay, J., Butler, A., Xu, Y., Woodcock, DJ., Merson, S., Frame, FM., Sahli, A., Abascal, F., Gihawi, A., Lambert, A., Thompson, A., Futreal, A., Menzies, A., Baddage, A., Ng, A., Sahil, A., Kremeyer, B., Al-Lazikani, B., Massie, C., Greenman, C., Ogden, C., Verrill, C., Fisher, C., Berney, D., Burns, D., Leongamornlert, D., Jones, D., Nicol, D., Wedge, D., Cahill, D., Easton, D., Rowe, E., Riabchenko, E., Bancroft, E., Mayer, E., Anokian, E., Hamdy, F., Park, G., Pelvender, G., Leeman, G., Gundem, G., Zhang, H., Mills, IG., Zhang, J., Teague, J., Zamora, J., Karaszi, K., Raine, K., Matthews, L., Stebbings, L., Alexandrov, LB., Marsden, L., Ahmed, M., Nykter, M., Ghori, M., Livni, N., Dennis, N., Van As, N., Camacho, N., Shah, N., Kumar, P., Van Loo, P., Lach, R., Edwards, S., Pita, S., Field, SJ., Thomas, S., Tavaré, S., Scalabrino, S., Hazell, S., McLaren, S., Visakorpi, T., Mitchell, TJ., Dudderidge, T., Dadaev, T., McDermott, U., Bo, V., Haberland, V., Gnanapragasam, V., Khoo, V., Howat, W., Jie-Lu, Y., Yu, Y., Kote-Jarai, Z., Martincorena, I., Bova, GS., Foster, CS., Campbell, P., Maitland, NJ., Neal, DE., Massie, CE., Lynch, AG., Eeles, RA. and Cooper, CS. et al. (2022) 'The architecture of clonal expansions in morphologically normal tissue from cancerous and non-cancerous prostates'. Molecular Cancer, 21 (1). pp. 1 - 13. ISSN: 1476-4598 Open Access Link

Liu, Y., Elsworth, B., Erola, P., Haberland, V., Hemani, G., Lyon, M., Zheng, J., Lloyd, O., Vabistsevits, M. and Gaunt, TR. et al. (2020) 'EpiGraphDB: A database and data mining platform for health data science'. Bioinformatics, 37 (9). pp. 1304 - 1311. ISSN: 1367-4803 Open Access Link